A vegetatív idegrendszer segít kontrollálni az emésztőcsatornában lévő folyamatokat, így a gyomor összehúzódásáért felelős izmok működését, a táplálék eljutását a megfelelő helyre. A nyelőcsőhöz hasonlóan a simaizom mozgatja az ételt a gyomorból a vékonybélbe. Amennyiben sérülnek az idegszálak, nem megfelelően működnek a gyomor izmai, lassan megy végbe az emésztés, a tápanyagok felszívódása. Az idegkárosodás miatt csökkenhet a gyomorsav-termelődés is. A gyomorban maradt étel megerjed, megzavarva a jó és rossz baktériumok arányát, így elszaporodhatnak a káros mikroorganizmusok.
A több éve diabéteszben élők mintegy fele tapasztalt már puffadást, hasi fájdalmat, gyomorégést, hányingert, étvágytalanságot, valamint hasmenés, vagy szorulás kialakulását, amely a cukorbetegséghez társuló autonóm idegkárosodás következménye.
A súlyosabb esetekben a gyomor mozgása nagy mértékben károsodik és gyomorbénulás, azaz gasztroparézis alakul ki, Azért is veszélyes ez az állapot, mert a nem megfelelő emésztés miatt ingadozhat a vércukorszint, illetve nem, vagy csak nehezen számítható ki a szénhidrátok felszívódása és hatása a vércukorszintre. Ez kórosan alacsony vércukor szintet, hipoglikémiát, nagy vércukor ingadozásokat eredményezhet.
Az idegeket érintő károsodás, a diabéteszes neuropátia a vastagbelet is érintheti, így előfordulhat székrekedés vagy hasmenés, nem ritkán váltakozva.
